Analýza čistoty je velice důležitou součástí komplexní charakterizace aktivních složek na proteinové nebo peptidové bázi. Nadlimitní přítomnost proteinových agregátů, zbytkových nukleových kyselin nebo bakteriálních endotoxinů totiž může v lidském organismu vyvolat nežádoucí a potenciálně životu nebezpečnou imunitní reakci.